Ngày 17 tháng 2 năm 1859, thành Gia Định mất vào tay quân Pháp. Sau đó, họ nhanh chóng chiếm lấy các ngôi chùa cổ để làm đồn gọi là "phòng tuyến chùa chiền" (lignes des pagodes), gồm: chùa Khải Tường (pagode de Barbe), chùa Kiểng Phước (pagode des Clochetons), chùa Cây Mai (pagode des Pruniers), đền Hiển Trung (pagode de la Fidélité Éclatante, hay là pagode des Mares)...Phòng tuyến này trải dài từ Chợ Lớn đến Sài Gòn, chủ yếu là để bao vây và đánh Đại đồn Chí Hòa (quân Pháp gọi là "Kỳ Hòa").

Năm 1860, chùa Kiểng Phước bị quân Pháp do Đại úy Malet chỉ huy chiếm đóng và biến thành đồn phòng thủ trong khi Đề đốc Leonard Charner đang ở Trung Quốc. Theo ghi chép của Trung úy Hải quân Pháp Léopold Pallu (giới thiệu ở phần sau), thì sau đó nơi đây đã từng xảy ra trận đánh ác liệt giữa liên quân Pháp-Tây Ban Nha và quân đội Việt...

Cuối tháng 2 năm 1861, Đại đồn Chí Hòa do tướng Nguyễn Tri Phương trấn giữ bị thất thủ. Sau đó, đến năm 1866, thì chùa Kiểng Phước "chỉ còn lại mấy cây gỗ mục trong khuôn viên chùa" mà thôi.